Daniel arap Moi kết hôn với Lena Moi (tên khai sinh Helena Bommet) vào năm 1950, nhưng sau đó vào năm 1974 họ li hôn, trước khi ông trở thành tổng thống. Vì thế "Mama Ngina", vợ của Jomo Kenyatta, vẫn được thừa nhận là đệ nhất phu nhân. Lena chết năm 2004. Daniel arap Moi có tám con, năm trai và ba gái. Trong số các con có Gideon Moi (một cựu nghị sĩ), Jonathan Toroitich (một cựu vận động viên đua xe việt dã) và Philip Moi (một sĩ quan nghỉ hưu). Thành tích tốt nhất của Jonathan Toroitich tại Giải vô địch thế giới đua xe việt dã là vị trí thứ 5 trên đường đua Safari năm 1997 với xe Toyota Celica ST185[4][5]. Anh trai duy nhất của anh ta là William Tuitoek chết năm 1995 [6].